يُراد بهذا التوطين جعْل المؤسسات التعليمية الجامعة موطنًا لتدريس المعرفة الإسلامية وتعميقها وتفعيلها على صعيد المجتمع والتنمية والتزكية والتواصل العالمي والإسهام الإنساني. وهذا يتحدد بحسب اختصاصات هذه المؤسسات وأدوارها المختلفة. فالجامعات الشرعية تختص في ذلك، والجامعات الأخرى تأخـذ من المعرفة الإسلامية ما يتصل باختصاصها وما يفي بالحاجة الأكاديمية والمجتمعية والحضارية، وما يسهم في حماية الثوابت وتوازن الشخصية ومنع الغلو في الفكر والعتو في السلوك.