تتعدد الأسباب التي تؤدي إلي نشوء المنازعات الضريبية: فقد ترجع إلي مخالفة التشريع الضريبي لمبدأ دستوري، أو إلي خطأ الإدارة الضريبية في تطبيق النصوص الضريبية علي المكلفين، أو تجاوز التفسير الضيق لهذه النصوص إلي تفسير واسع، يبتغي مد نطاق الضريبة إلى وعاء، يراه المكلفون خارج إطار الوعاء الحقيقي لها. غير أن أهم صور المنازعات الضريبية: هي تلك التي تكون الإدارة الضريبية طرفاً فيها", وتتعلق بحصر الممولين وربط الضرائب وتحصيلها وفق قانون الضرائب الذي تختص بتطبيقه.

وفي ضوء ذلك، يمكن لنا تحديد ثلاثة عناصر في المنازعة، حتي تكون من المنازعات الضريبية: العنصر الأول أن تكون الإدارة الضريبية طرفاً فيها، العنصر الثاني أن تتعلق المنازعة بعمل من الأعمال الضريبية، العنصر الثالث أن يكون المرجع فيها قانون الضريبة، وعلي الرغم من أن العناصر السابقة تتوافر في المنازعات التي تثور بخصوص الضريبة الجمركية، إلا أن البحث يتناول مدي إمكانية تفعيل المرحلة الإدارية لنظر المنازعات الضريبية في إطار ضريبة الدخل، وضريبة المبيعات فحسب. خاصة بعد أن تم توحيد الإدارة الضريبية المنوط بها تحصيل هاتين الضريبتين.

والحقيقة أن هذا البحث يكتسب أهميته من أهمية الضريبة ذاتها للخزانة العامة للدولة، إذ لا شك في أنها تعد من أهم الموارد السيادية، التي تعتمد عليها مختلف الدول في تمويل موازناتها، في العصر الحديث. كما أنها تساهم بأكثر من نصف الموارد العامة للدولة المصرية. ولهذا فهي تحظي باهتمام علماء المالية العامة، ورجال الإدارة الضريبية علي الدوام.

ونظراً لأن نظر المنازعات الضريبية أمام الإدارة الضريبية يتم تنظيمه علي درجتين في كلاً من ضريبة الدخل والمبيعات فإننا نتعرض لمدى إمكانية تفعيل المرحلة الإدارية من خلال فصلين هما: ",الفصل الأول يتعرض لمدى الحاجة إلي تفعيل المرحلة الإبتدائية لنظر المنازعة الضريبية أمام الإدارة الضريبية مرحلة التظلم الإداري، الفصل الثاني يتناول مدى أهمية إلغاء المرحلة الثانية لنظر المنازعات الضريبية أمام الإدارة الضريبية مرحلة الاستئناف الإداري",.