إننا نهدف من هذه الدراسة إلى تتبع نمطين من أنماط نظم الحكم فى السودان خلال الفترة من (1958 إلى 1969) حيث تتناول نظام الحكم العسكرى الأول (1958- 1964) ونظام الحكم المدنى الديمقراطى الثانى (1964- 1969) ومدى إنعكاس هذه التحولات فى أنظمة الحكم العسكرى والمدنى على العلاقات المصرية السودانية خلال هذه الفترة ومحاولة الوقوف على الأسباب والدوافع التى أدت إلى توتر العلاقات بين البلدين فى بعض الأحيان وإستقرارها فى البعض الأخر.

هدا وقد إستخدمنا منهج التحليل التاريخى الذى إستند على بعض الوثائق والمصادر التاريخية التى أتيحت لنا, كما إستخدمنا المنهج المقارن لمقارنة جوانب التشابه والإختلاف فى بعض الظواهر السياسية وإستندنا فى ذلك على التقسيم الزمنى للحدث, الأمر الذى أدى إلى تتبع الحدث وتطور تفعيلاته فى كل مرحلة من مراحل نظام الحكم فى السودان خلال هذه الفترة الزمنية وبخاصة الأحداث التى تتناول الأزمات الساسية بين مصر والسودان مثل أزمة المياه وأزمة الحدود.