نحتاج دائما أن نؤكد على شيئين: أولهما أن النظر الديني كان في الأصل نظرا علميٍّا، لا شائبة فيه، يقبل الجدل والتمحيص، وأنه صار بعد ذلك نظرا دينيٍّا قائما على الجزم؛ لقلة وسائل التحقيق عند الإنسان الأول. والملاحظة الثانية: أن الدين في نفسه لا يُمكنه أن يضطهد العلم، وإنما الاضطهاد يرجع إلى الكهنة، ولكن الكهنة أنفسهم لا يمكنهم أن يضطهدوا أحدًا ما لم تكن السلطة في أيديهم، فالذي يقيِّد حرية الفكر، والذي اضطهد الناس هي السلطة الحكومية، وما دام الدين بعيدًا عن الحكومة فإنه لا هو ولا كهنته يمكنهم أن يضطهدوا أحدًا. وبالتتبع التاريخي لمسار الحرية سنلمس الدليل على قولنا هذا، وسننظر كيف تعامل الإغريق والمسيحيون والمسلمون مع الحرية وقضاياها عبر التاريخ.